1 Logiciel set_bases :
1.1 Généralités
Cet assistant est un peu le couteau suisse de MedinTux.

- Il permet de paramétrer la connexion aux bases des autres logiciels
- l'installation des composants Sesam-Vitale
- Le paramétrage de la source de données pour les bases thérapeutiques
- sous linux la recompilation de la suite Medintux.

1.2 Sommaire
1 Logiciel set_bases
1.1 Généralités
1.2 Sommaire
2 Fonctions concernant les bases de données
2-1 Connexion à un serveur MySql
2-2 Installation des bases de données
2-2-2 Première installation de MedinTux
2-2-3 Mise à jour d'une version antérieure de MedinTux
2-3 Réinstallation d'une base de données
2-4 Sauvegarde Restauration d'une base de données
2-5 Les bases de données
3 Compilation de la suite MedinTux (sous Linux uniquement)
3-1 Les prérequis à la compilation
3-2 Localisation de l'environnement de compilation
3-3 Choisir le module à recompiler
3-4 Compilation
4 Astuces diverses
4-1 Augmenter la taille maximmale des données MySQL
4-2 Outils de gestion des bases de données
4-3 Utilisation en réseau : désactivez L'option 'skip-networking'
4-4 Utilisation en réseau : activez L'option 'skip-name-resolve'
4-5 Utilisation en réseau : desactivez L'option 'bind-address'
4-6 Icônes des menus non visibles sous Ubuntu 10.10

2 Fonctions concernant les bases de données :

2-1 Connexion à un serveur MySql
MedinTux gère ses données au travers d'un gestionnaire de bases
de données SQL, on dit aussi serveur de données SQL.
Celui actuellement choisi est MySQL (il doit impérativement
avoir déjà été installé et activé).
Le serveur de données MySQL étant actif, communique avec les
applications (dites clientes du serveur) au travers d'une liaison
internet TCP IP.
Cette particularité est très commode, car elle permet à MedinTux de
communiquer avec des bases de données MySQL distantes, pouvant être
n'importe où dans le monde, sur votre réseau local et même
sur la même machine que MedinTux (cas le plus fréquent dans
les configurations monopostes).
Medintux a donc besoin pour fonctionner, de se connecter à MySQL,
et de s'y identifier. Bien sûr, il faut d'abord que le serveur
MySQL auquel MedinTux va se connecter soit déjà paramétré pour
accepter les paramètres de connexion avec lesquels il va
s'identifier au serveur.
Pour se connecter à MySQL, il faut renseigner les paramètres
d'accès au serveur dans les champs suivants :

- Le nom d'utilisateur MySQl sur ce serveur
- Le mot de passe utilisateur affecté par le serveur pour accéder aux données.
- L'adresse IP ou le nom d'hôte du serveur MySQL (adresse réseau classique).
  Si le serveur MySQL est sur la même machine que le client (configuration
  classique monoposte la plus fréquente) indiquez-le en entrant comme
  adresse IP 'localhost'
- Le port de connexion (en général 3306)

puis cliquez sur le bouton 'Se connecter à la base de données'
si la connexion est réussie vous devriez avoir dans la fenêtre de messages
le message suivant :
Si la connexion à MySQL est réussie l'onglet 'Installation des bases' devient
actif et vous permet d'installer ou réinstaller les bases de données.
de même pour l'installation du Vidal Datasemp l'onglet devient actif.
Si vous désirez mémoriser cette connexion dans vos favoris, cliquez sur le bouton :
Si vous désirez accéder à un favori, déroulez la combobox
suivante et choisissez-y le favori souhaité.
si vous désirez effacer un favori, déroulez la combobox
et choisissez-y le favori souhaité, puis cliquez
sur le bouton :

2-2 Installation des bases de données
2-2-2 Première installation de MedinTux
Lors de votre première connexion réussie au gestionnaire de bases
MySQL, l'écran ci-dessous signale que la connexion est réussie,
mais que les bases sont absentes :
Cliquez sur le bouton 'Installer les bases de MedinTux' afin d'installer les bases de données
nécessaire au fonctionnement de MedinTux.
set_bases affiche allors une barre de progression et la fenêtre de messages avec
les bases et tables en cours d'installation.
Le message suivant confirmera la fin de l'installation des bases de
données.
2-2-3 Mise à jour d'une version antérieure de MedinTux
Lors d'une connexion réussie au gestionnaire de bases, set_bases vérifie
si la version de vos données MedinTux en cours actuellement est compatible
la version de set_bases en cours d'exécution.
Losque vous installez un nouvelle version de MedinTux, et qu'une version
plus ancienne avec laquelle vous travaillez est déjà installée, vous devez
disposer de deux répertoires correspondants à chaque version de MedinTux :
° Le répertoire de l'ancienne version avec lequel vous travailliez
jusqu'à présent par exemple : MedinTux-V2.13
° Le répertoire de la nouvelle version que vous venez d'installer
et dont vous venez d'exécuter set_bases par exemple: MedinTux-V2.14
Si il est nécessaire de faire une mise à jour la procédure de mise à jour
se lance et vous demande de localiser le répertoire de MedinTux avec lequel
vous travaillez habituellement dans notre exemple : MedinTux-V2.13.
Cliquez sur le bouton 'Localisez le répertoire de MedinTux à mettre à jour'
choisissez à l'aide du navigateur de fichiers, le répertoire
de l'ancienne version avec lequel vous travailliez jusqu'à présent
par exemple : MedinTux-V2.13
confirmez en cliquant sur le bouton 'Ok' puis
attendez la fin des opérations de mise à jour.
Cette localisation permet au programme de mise à jour, de récuperer dans
l'ancienne version des informations concernant la localisation du Glossaire
avec lequel vous travaillez, divers paramètres de configuration, afin de
conserver le plus possible vos habitudes de travail.
Votre Glossaire de travail sera ainsi mis à jour avec de nouveaux éléments
sans modifier ceux actuels.
2-3 Réinstallation d'une base de données

À LIRE AVANT TOUTE RÉINSTALLATION D'UNE BASE DE DONNÉES :
La réinstallation d'une base de données écrasera l'ancienne base.
Afin d'éviter la perte des données anciennes, elle sont sauvegardées
dans une base de secours portant le même nom que la base de données
en cours, suivi d'une mention ressemblant à cela : Back20101104201003
(exemple DrTuxTest Back 2010 11 04 20 10 03) où :
Les quatres premiers caractères sont l'année : ici 2010
Les deux suivants sont le mois : ici 11
Les deux suivants sont le jour : ici 04
Les deux suivants sont l'heure : ici 20
Les deux suivants sont les minutes : ici 10
Les deux suivants sont les secondes : ici 03
de l'instant de la sauvegarde.
Cela permet si vous avez fait cette opération par erreur
de récupérer vos anciennes données.

Sélectionnez la base à réinstaller à l'aide de la ComboBox déroulante
puis cliquez sur le bouton 'Installer les bases de MedinTux'
il vous sera demandé une confirmation, car une réinstallation
réinitialise la base de données telle qu'elle était au premier
démarrage de MedinTux, EN ÉCRASANT TOUTES LES DONNÉES DÉJÀ SAISIES
au cours de l'utilisation de MedinTux.
2-4 Sauvegarde Restauration d'une base de données

À LIRE AVANT TOUTE RESTAURATION D'UNE BASE DE DONNÉES :
La restauration d'une base de données écrasera l'ancienne base.
Afin d'éviter la perte des données anciennes, elle sont sauvegardées
dans une base de secours portant le même nom que la base de données
en cours, suivi d'une mention ressemblant à cela : Back20101104201003
(exemple DrTuxTest Back 2010 11 04 20 10 03) où :
Les quatres premiers caractères sont l'année : ici 2010
Les deux suivants sont le mois : ici 11
Les deux suivants sont le jour : ici 04
Les deux suivants sont l'heure : ici 20
Les deux suivants sont les minutes : ici 10
Les deux suivants sont les secondes : ici 03
de l'instant de la sauvegarde.
Cela permet si vous avez fait cette opération par erreur
de récupérer vos anciennes données.

Cliquez sur le bouton 'Restaurer un fichier SQL'
il vous sera demandé par l'intermédiaire du sélecteur de fichiers,
de choisir le fichier SQL à restaurer. puis si il est valide,
il sera exécuté. EN ÉCRASANT TOUTES LES DONNÉES DÉJÀ SAISIES.
cette restauration opère certains contrôles concernant la validité du fichier.
Attention ! Après la restauration, il sera possible de retourner en arrière
en replaçant la base de secours.
Ce fichier SQL doit être le 'Dump' SQL d'une base unique.
Il ne doit pas être le 'Dump' d'un ensemble de bases comme le
permettent les outils de sauvegarde de données.
Exemple : pour DrTuxTest il ne peut être restauré que les données
provenant d'un 'Dump' de la base DrTuxTest seule.
Lors de vos sauvegardes SQL, faites un 'Dump' séparé pour chaque
base.
Exemple :
° Dump d'une base de 110000 patients de DrTux à l'aide de MysQL Administrator,
cela produira un fichier : DtTuxTest_20100923_0131.sql de 3.1 Giga-octets.
° Restauration de cette base patients de DrTux à l'aide de set_bases
2-5 Les bases de données

- DrTuxTest : est très importante et contient tous les dossiers patients.
  La réinstaller revient à effacer tous les dossiers des patients.
- MedicaTuxTest : contient les données indexées de la base thérapeutique.
  Les posologies personnelles y sont stockées.
- BaseGetTest : contient les données elles-mêmes de la base thérapeutique.
- CIM10Test : est le dictionnaire CIM10 et ne change pas au cours de l'utilisation de MedinTux
- CCAMTest : est le dictionnaire CCAM et ne change que pour les favoris et thésaurus utilisateurs.
- QLaboFTPTest : reçoit tous les examens de laboratoire HPRIM .
- Comptabilite : contient les actes de comptabilité.

3 Compilation de la suite MedinTux (sous Linux et Mac):
3-1 Les prérequis à la compilation

- Disposer des sources de MedinTux : à charger sur le site de l'Adullact.
- Environnement de compilation GCC et sources QT :
  - l'intallateur de paquets de votre distribution linux devrait convenir.
  - Sous Mac installer XCode à partir des CD d'origine.
- Sous Linux installer le SDK QT4 qtcreator : disponible sur le site de QT choisissez celui correspondant à votre processeur et environnement, installez le en mode Administrateur afin qu'il se place dans le répertoire /opt/. exemple : /opt/qtsdk-2010.05
- Sous Mac :
  - compilation de QT 3.3.8 avec prise en charge directe du driver MySQL dans le répertoire de MedinTux/Programmes/Qt
  - compilation de Qt 4.7.0 avec prise en charge directe du driver MySQL en /usr/local/Trolltech/Qt-4.7.0

3-2 Localisation de l'environnement de compilation
3-2-1 Sous Linux : Lancez set_bases et cliquez sur l'onglet 'Compilation'
- Localisez le répertoire de QT3. Le plus souvent set_bases devrait en proposer un valide, mais si votre installation de Qt est différente de celle recommandée, il sera à préciser.
- Localisez le répertoire du QT4. (bouton localiser Sdk de Qt4) Si votre installation est classiquement faite set_bases devrait en proposer un valide. Si vous l'avez placé ailleurs qu'en /opt/ il vous faudra le relocaliser à l'aide du bouton 'Localisez le Sdk de QT4'.
3-2-2 Sous Mac : Mettez vous sous console root (mode Administrateur su etc...) placez vous dans le répertoire /Programmes/set_bases/bin et lancez set_bases à l'aide du script set_basesMac.sh en tapant la commande suivante ./set_basesMac.sh et cliquez sur l'onglet 'Compilation'
- Localisez le répertoire de QT3. Sur mac il est recommandé d'installer et compiler Qt 3.3.8 avec le support direct de MySQL en /MedinTux/Programmes/Qt) Dans ce cas set_bases devrait en proposer un valide, mais si vous l'avez placé ailleurs, il vous faudra le relocaliser à l'aide du bouton 'Localisez le répertoire de QT3'.
- Localisez le répertoire du SDK QT4. Si votre installation du SQK est classiquement faite set_bases devrait en proposer un valide. Si vous l'avez placé ailleurs qu'en /usr/local/Trolltech/Qt-4.7.0 il vous faudra le relocaliser à l'aide du bouton 'Localisez le Sdk de QT4'.
3-3 Choisir le module à recompiler : cliquez sur la liste de choix située à droite du bouton 'Compilation des exécutables'
Choisissez l'option Tous les programmes pour compiler tous les modules ou
choisissez l'option corrspondant au module que vous désirez compiler.
3-4 Compilation
C liquez sur le bouton 'Compilation des exécutables'.
La fenêtre d'information vous listera les messages du compilateur,
Seront en rouge les erreurs bloquantes ne permettant pas la création de l'exécutable.
si de telles erreurs apparaissent il convient de les signaler afin que l'on trouve une
solution.
Seront en jaune clair les avertissements sans conséquence sur la génération de l'exécutable.

4 Astuces diverses :

4-1 Augmenter la taille maximale des données MySQL
MySQL fixe certaines limites notamment la taille maximum d'une donnée SQL.
Cette limite peut s'avérer trop petite dans le cas où vous avez à stocker
de grandes images.
MySQL dispose d'un fichier de configuration :
my.ini (ou my.cnf) situé :

- Windows : à la racine du répertoire de MySQL
- Linux : /etc/my.ini

éditez ce fichier (en mode administrateur sous linux) et modifiez
le paramètre :
max_allowed_packet=1M en
max_allowed_packet=8M puis relancez MySQL.
Il convient d'arrêter et redémarrer le serveur MySQL
pour que ces nouveaux paramètres soient pris en compte.
Sous Linux en mode administrateur faites dans une console :
/etc/init.d/mysqld stop
puis
/etc/init.d/mysqld start
4-2 Outils de gestion des bases de données
Deux très bons outils libres de gestion des bases de MySQL permettent
de faire des sauvegardes, restaurations ainsi que des requêtes SQL
pour interroger votre base de données.
Ces deux outils sont : MySQL-Administrator et MySQL Query Browser. Internet
regorge de sites où télécharger ces outils, et, sous Linux, votre gestionnaire
de paquets devrait pouvoir vous l'installer.
4-3 Utilisation en réseau : désactivez L'option 'skip-networking'
MySQL dispose d'un fichier de configuration :
my.ini (ou my.cnf) situé :

- Windows : à la racine du répertoire de MySQL
- Linux : /etc/my.ini

éditez ce fichier (en mode administrateur sous linux) commentez,
le paramètre ou option : skip-networking de la section [mysqld] (situé dans les lignes
situées aprés la mention [mysqld]), en plaçant le caractère # devant l'option.
Cette option très souvent positionnée par défaut désactive l'utilisation en réseau,
il vous faut la désactiver pour l'utilisation de MySQL en réseau.
[mysqld]
# Don't listen on a TCP/IP port at all. This can be a security enhancement,
# if all processes that need to connect to mysqld run on the same host.
# All interaction with mysqld must be made via Unix sockets or named pipes.
# Note that using this option without enabling named pipes on Windows
# (via the "enable-named-pipe" option) will render mysqld useless!
# skip-networking
Il est aussi possible de modifier ce paramètre avec
avec MySQL-Administatror (en mode administateur).
Il convient d'arrêter et redémarrer le serveur MySQL
pour que ces nouveaux paramètres soient pris en compte.
Sous Linux en mode administrateur faites dans une console :
/etc/init.d/mysqld stop
puis
/etc/init.d/mysqld start
4-4 Utilisation en réseau : activez L'option 'skip-name-resolve'
MySQL dispose d'un fichier de configuration :
my.ini (ou my.cnf) situé :

- Windows : à la racine du répertoire de MySQL
- Linux : /etc/my.ini

éditez ce fichier (en mode administrateur sous linux) décommentez,
ou rajoutez si il est absent le paramètre : skip-name-resolve
dans la section [mysqld] soit dans les lignes situées aprés la
mention [mysqld].
[mysqld]
# Don't resolve hostnames. All hostnames are IP's or 'localhost'.
skip-name-resolve
cela permettra à MySQL d'éviter la résolution DNS qui peut être très
longue lorsque votre réseau n'en comporte pas. Il vous faudra bien
évidemment accéder au serveur par une adresse IP ou localhost et non
un nom de domaine.
Il est aussi possible de modifier ce paramètre avec
avec MySQL-Administatror (en mode administateur).
Il convient d'arrêter et redémarrer le serveur MySQL
pour que ces nouveaux paramètres soient pris en compte.
Sous Linux en mode administrateur faites dans une console :
/etc/init.d/mysqld stop
puis
/etc/init.d/mysqld start
4-5 Utilisation en réseau : desactivez L'option 'bind-address = 127.0.0.1'
MySQL dispose d'un fichier de configuration :
my.ini (ou my.cnf) situé :

- Windows : à la racine du répertoire de MySQL
- Linux : /etc/my.ini

éditez ce fichier (en mode administrateur sous linux) recherchez et
commentez, le paramètre : 'bind-address = 127.0.0.1' qui limite les connexions
à localhost si il est non commenté, et ne permet pas l'utilisation en réseau.
[mysqld]
# bind-address = 127.0.0.1
Il convient d'arrêter et redémarrer le serveur MySQL
pour que ces nouveaux paramètres soient pris en compte.
Sous Linux en mode administrateur faites dans une console :
/etc/init.d/mysqld stop
puis
/etc/init.d/mysqld start
4-6 Icônes des menus non visibles sous Ubuntu 10.10
La dernière version de MedinTux fonctionne parfaitement
sous Ubuntu 10.10.
Un problème lié à un bug d'Ubuntu fait que les icônes
des menus ne s'affichent pas (et cela pour tous les programmes QT4
y compris ceux non MedinTux comme QTcreator, Designer etc..).
Le remède est de taper dans une console (en user ça marche)
les deux commandes suivantes :
gconftool-2 --type boolean --set /desktop/gnome/interface/buttons_have_icons true
gconftool-2 --type boolean --set /desktop/gnome/interface/menus_have_icons true